連続最適化計算

複数の構造最適化計算を連続的に行なう

AutoOptのドキュメント: AutoOpt

基本的な使い方

収束後のtrajファイルは"Structures"フォルダに保存される

 from grrmpy.visualize import *
 from grrmpy.io import log2atoms
 from grrmpy.automate import AutoOpt
 from grrmpy.optimize import FIRELBFGS

 log = "XXX_EQ_list.log"
 com = "XXX.com"
 poscar = "POSCAR"
 eqs = log2atoms(log, com, poscar) # GRRMのデータからEQ構造を読み込む
 opt = AutoOpt(eqs,optimizer=FIRELBFGS)
 opt.run()

GRRMのデータの読み込みには log2atoms を用いた.

計算後のデータの取り込み

収束後の構造はStructuresフォルダに保存されているので read_traj を用いてデーターを取り出す

>>> from grrmpy.io import read_traj
>>> opted_eq_list = read_traj("Structure") # trajが存在するフォルダ名を指定

細かいパラメータを指定する

例えば(maxstep=0.05,steps=200)→(maxstep=0.1,steps=1000)→(maxstep=0.2,steps=20000)の条件で計算するには

>>> run(maxstep_list=[0.05,0.1,0.2],steps_list=[200,1000,20000])

その他のパラメータは AutoOpt を参照

途中から計算を開始する

XXX_EQ_listを更新して,新たにEQの最適化をしたい時があるだろう.

例えば,以前の計算でEQ13まで計算してあり,新たにEQ14から計算をしたい場合には restart を指定して計算を途中から行なう.

>>> run(restart=14)