Tips

• 一部の原子のみをwrapする

  一部の原子のみをwrapした新たな new.traj ファイルが作成される.

  from ase.io import Trajectory
  
  traj = Trajectory("XXX.traj") # オリジナルのtrajファイル
  new_traj =  Trajectory("new.traj",mode="a")
  indices = [192,193,194,195,196,197,198,199,200,201,202,203] # indicesで指定した原子のみwrapする
  for atoms in traj:
      positions = atoms.get_positions(wrap=True)
      atoms.positions[indices] = positions[indices]
      new_traj.write(atoms)
  

• 構造をhtmlに保存する → これは grrmpy.visualize.custum_viewer.View クラスで簡単に行なえる

  Viewで表示した構造をhtmlに保存する

  Viewで可視化した時と同じインタラクティブな状態でhtmlに保存される.

  from grrmpy.visualize import View
  from ase.io import read
  import nglview as nv
  
  atoms = read("atoms.cif")
  v = View(atoms)
  v # またはdisplay(v)
  # ↑一度必ずnote book上で可視化する必要がある.
  

  その後

  nv.write_html("atoms.html",v.view) # htmlに保存される