連続PinNEB計算

PinNEB計算の概要については こちらを参照．

基本操作

from grrmpy.automate import AutoPinNEB
# eq_listは最適化後のEQ構造のリスト
# connectionsは [[0,1],[4,2],[3,1]]のような GRRMのCONNECTIONSに相当するリスト
pin_neb = AutoPinNEB(eq_list,connections)
pin_neb.run()

細かいパラメータを指定する

パラメータの設定については PinNEB と同じ

Tips

意味のあるCONNECTIONSののみを抽出する

GRRMのTS,PT_list.logから意味のあるCONNECTIONSのみを抽出する.

>>> from grrmpy.io import read_connections
>>> from grrmpy.functions import get_unique_connections
>>> original_connections = read_connections(ts_path)
>>> connections,idx = get_unique_connections(original_connections)

この操作によって

• 同じ番号のCONNECTION ([0,0],[3,3]など)

• 既にある組み合わせ ([0,1],[2,4],[1,0]の場合,最後の[1,0]は削除する)

は削除される