GRRMの結果をデータをインポートする

XXX_(EQ,TS,PT)_list.logから構造をインポート

from grrmpy.io import log2atoms
from grrmpy.visualize import View

eq_log = "XXX_EQ_list.log"
com = "XXX.com" # FrozenAtomsがあるときに指定
poscar = "POSCAR" # 周期境界で計算した際に指定
eq_list = log2atoms(eq_log,com,poscar)

View(eq_list)

COMファイルはFrozenAtomsがある場合に指定する

POSCARはGRRM-VASPで計算した(周期境界)場合に指定する.

XXX_(TS,PT)_list.logからCONNECTIONSを抽出

2次元のリストとしてCONNECTIONSを取得できる.

from grrmpy.io import read_connections

ts_log = "XXX_TS_list.log"
connections = read_connections(ts_log)
# connections
# [[1,2],[2,7],[4,3],["??",1]]

不要なCONNECTIONSを省く方法

get_unique_connections を用いる.

• 同じ番号([1,1],[3,3]など)の削除

• 価値のないCONNECTIONS(["??",2],["DC",2]など)の削除

• 同じCOONECTIONSの組み合わせ([0,1],[1,0],[0,1])は一つだけにする

from grrmpy.functions import get_unique_connections
from grrmpy.io import read_connections
connections = read_connections(ts_log)
valuable_connections, idx = get_unique_connections(connections)

valuable_connections に不要なCOONECTIONSを削除した新なCONNECTIONSが含まれている.

idx は新たなCONNECTIONSが元々何番目のCONNECTIONSだったかが記録されている.

同一構造判定を行ないさらに不要なCONNECTIONSを省く方法

詳しいtargetの指定の仕方は grouping を参照する

from grrmpy.geometry import grouping
from grrmpy.io import read_connections

valuable_connections, idx = get_unique_connections(connections)
group = grouping(eq_list, rtype="1D")
connections = [[ini,fin] for ini,fin in valuable_connections if group[ini]!=group[fin]]