連続Vib計算

複数の振動数計算を連続的に自動で行う

基本操作

ts_listはTS構造のAtomsのリスト

from grrmpy.automate import AutoVib

vib = AutoVib(ts_list,indices=[0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10]) #indicesは動かす原子のindex番号
vib.summary() # htmlファイルに振動数の表が作成される

虚振動の振動モードをtrajに書き出す方法

• 全てのTSの虚振動を書き出す場合

  >>> vib.write_mode()
  

• 特定のTSの虚振動を書き出す場合(例TS5の虚振動)

  虚振動がなかった場合は何も作成されない

  >>> vib.write_mode(i=5)
  

• 虚振動以外のモードのtrajファイルを作成したい場合.

  >>> vib[3].write_mode(n=2) # TS3のn=2のモードのtrajファイルが作成される.
  

Tips

• 複数のNEBイメージからTS構造のみを抽出する.

  "Structures"フォルダに複数のNEBイメージのtrajファイルがある事を想定する

  from grrmpy.io import iread_traj
  from grmpy.neb.functions import get_ts_image
  
  neb_list,_ = iread_traj("Structures") # これでNEBのイメージを取り出す(この地点で2Dのリスト)
  ts_list = [get_ts_image(images) for images in neb_list] # これで各NEBからTS構造のみ抽出する
  # その後
  vib = AutoVib(ts_list)
  vib.run()
  

• 各TSのVibrationsオブジェクトはgetitem(各括弧)で取得できる

  >>> vib[2] # <-- TS2の構造のASEのVibrationsオブジェクト