目的から探す

ファイルの中身の情報を抽出する

*_list.logファイル

log2atoms 関数: logファイルからAtomsを作成する

read_connections 関数: CONNECTIONS情報を読み取る

Log クラス: logファイルをマージする
COMファイル

frozen2atoms FrozenAtomsをAtomsオブジェクトに変換する

COM クラス: FrozenAtoms,Option等のCOMファイルの情報をまとめたクラス
ACF.dat(BaderCharge)

read_acf ACF.datファイルの中身をDataFrameにして返す.

get_dader ACF.datファイルからBaderChargeを計算する.

構造最適化計算を行なう

AutoOpt クラス

遷移状態計算を行なう

PinNEB クラス
AutoPinNEB クラス
SNEB クラス
ANEB クラス
SinglePath : DS-AFIRのようにINI,FINを結ぶ複数の反応を自動で探索する.

作図する

反応座標を作図する
ReactPath クラス
エネルギーダイアグラムを作図する(NEB,VIB計算等)
write_html 関数
Excelに保存する
ReactPath クラスの write_excel メソッド
NetWork図を作成する
NetGraph クラスの write_html メソッド
Graphmlファイルを作成する(Cytoscapeで表示する用)
NetGraph クラスの write_graphml メソッド

構造を可視化する

多機能な構造Viewer
View クラス
静止した構造を可視化する
view 関数
動きのある構造を可視化する(NEBイメージ,VIB振動)
view_images 関数
index番号付きで表示する
view_with_index 関数
座標付きで表示する
view_with_coordinate 関数

Blender用Pythonスクリプトを作成する

-Beldner用のPythonスクリプトを作成する: make_py_script