連続NEB計算

複数のNEB計算を連続的に行なう

この方法より 連続PinNEB を使用する方法の方がおすすめ

AutoNEBのドキュメント: AutoNEB

基本的な使い方

auto_neb = AutoNEB(eq_list, connections)
# eq_listはAtomsの1次元リスト.
# connectionsは[[0,1],[2,3],[2,5]]などの2次元リスト
# この場合eq_list[0]とeq_list[1],q_list[2]とeq_list[3]...
# でそれぞれNEBイメージを作成しNEB計算を行なう
auto_neb.run(16) # 全てのNEBのイメージ数は16イメージで行なわれる.

収束後のtrajファイルは"Structures"フォルダに保存される.未収束のtrajは"unconv"フォルダに保存される.

NEBイメージのエネルギーダイアグラムは"htmlフォルダに保存される.

計算後のデータの取り込み

収束後の構造はStructuresフォルダに保存されているので iread_traj を用いてデーターを取り出す

>>> from grrmpy.io import iread_traj
>>> images_list,_ = iread_traj("Structure") # trajが存在するフォルダ名を指定
>>> # 2次元リストで取得できる

細かいパラメータを指定する

例えば(maxstep=0.01,steps=200)→(maxstep=0.2,steps=2000)→(maxstep="自動化",steps=2000)で計算したい場合

>>> auto_neb.run(16,maxstep_list=[0.01,0.2,None],steps_list=[200,2000,2000])

その他のパラメータは AutoNEB を参照.

NEBのイメージ数について

>>> auto_neb.run(16)

とすれば,全てのNEBは16イメージで計算されるが,サンプルによってイメージ数を変えたい場合もあるだろう.

その場合,リストで与えれば良い

>>> auto_neb.run([16,18,16,8,16]) # 計算したい構造が５個ある場合

get_appropriate_nimages を用いれば最適なNEBイメージの数を求められるため. それぞれの計算に適したNEBイメージ数を与えることができる.

>>> nimages_list = [get_appropriate_nimages(eq_list[ini],eq_list[fin],dist=0.2) for ini,fin in connections]
>>> auto_neb.run(nimages_list)