########################### 連続NEB計算 ########################### 複数のNEB計算を連続的に行なう ====================================== この方法より :doc:`連続PinNEB` を使用する方法の方がおすすめ AutoNEBのドキュメント: :class:`AutoNEB` 基本的な使い方 -------------------- .. code-block:: python auto_neb = AutoNEB(eq_list, connections) # eq_listはAtomsの1次元リスト. # connectionsは[[0,1],[2,3],[2,5]]などの2次元リスト # この場合eq_list[0]とeq_list[1],q_list[2]とeq_list[3]... # でそれぞれNEBイメージを作成しNEB計算を行なう auto_neb.run(16) # 全てのNEBのイメージ数は16イメージで行なわれる. | 収束後のtrajファイルは"Structures"フォルダに保存される.未収束のtrajは"unconv"フォルダに保存される. | NEBイメージのエネルギーダイアグラムは"htmlフォルダに保存される. 計算後のデータの取り込み ---------------------------- 収束後の構造はStructuresフォルダに保存されているので :class:`iread_traj` を用いてデーターを取り出す >>> from grrmpy.io import iread_traj >>> images_list,_ = iread_traj("Structure") # trajが存在するフォルダ名を指定 >>> # 2次元リストで取得できる 細かいパラメータを指定する --------------------------------- 例えば(maxstep=0.01,steps=200)→(maxstep=0.2,steps=2000)→(maxstep="自動化",steps=2000)で計算したい場合 >>> auto_neb.run(16,maxstep_list=[0.01,0.2,None],steps_list=[200,2000,2000]) その他のパラメータは :class:`AutoNEB` を参照. NEBのイメージ数について ----------------------------- >>> auto_neb.run(16) | とすれば,全てのNEBは16イメージで計算されるが,サンプルによってイメージ数を変えたい場合もあるだろう. | その場合,リストで与えれば良い >>> auto_neb.run([16,18,16,8,16]) # 計算したい構造が５個ある場合 | :class:`get_appropriate_nimages` を用いれば最適なNEBイメージの数を求められるため. それぞれの計算に適したNEBイメージ数を与えることができる. >>> nimages_list = [get_appropriate_nimages(eq_list[ini],eq_list[fin],dist=0.2) for ini,fin in connections] >>> auto_neb.run(nimages_list)