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GRRMの結果をデータをインポートする
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XXX_(EQ,TS,PT)_list.logから構造をインポート
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.. code-block:: python

    from grrmpy.io import log2atoms
    from grrmpy.visualize import View
    
    eq_log = "XXX_EQ_list.log"
    com = "XXX.com" # FrozenAtomsがあるときに指定
    poscar = "POSCAR" # 周期境界で計算した際に指定
    eq_list = log2atoms(eq_log,com,poscar)

    View(eq_list)

| COMファイルはFrozenAtomsがある場合に指定する
| POSCARはGRRM-VASPで計算した(周期境界)場合に指定する.


XXX_(TS,PT)_list.logからCONNECTIONSを抽出
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2次元のリストとしてCONNECTIONSを取得できる.

.. code-block:: python

    from grrmpy.io import read_connections
    
    ts_log = "XXX_TS_list.log"
    connections = read_connections(ts_log)
    # connections
    # [[1,2],[2,7],[4,3],["??",1]]


不要なCONNECTIONSを省く方法
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:class:`get_unique_connections<grrmpy.functions.get_unique_connections>` を用いる.

- 同じ番号([1,1],[3,3]など)の削除
- 価値のないCONNECTIONS(["??",2],["DC",2]など)の削除
- 同じCOONECTIONSの組み合わせ([0,1],[1,0],[0,1])は一つだけにする

.. code-block:: python
    :emphasize-lines: 1,4

    from grrmpy.functions import get_unique_connections
    from grrmpy.io import read_connections
    connections = read_connections(ts_log)
    valuable_connections, idx = get_unique_connections(connections)

| `valuable_connections` に不要なCOONECTIONSを削除した新なCONNECTIONSが含まれている.
| `idx` は新たなCONNECTIONSが元々何番目のCONNECTIONSだったかが記録されている.

同一構造判定を行ないさらに不要なCONNECTIONSを省く方法
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詳しいtargetの指定の仕方は :class:`grouping<grrmpy.geometry.functions.grouping>` を参照する

.. code-block:: python

    from grrmpy.geometry import grouping
    from grrmpy.io import read_connections

    valuable_connections, idx = get_unique_connections(connections)
    group = grouping(eq_list, rtype="1D")
    connections = [[ini,fin] for ini,fin in valuable_connections if group[ini]!=group[fin]]