Convモジュール

Atomsオブジェクト --> molオブジェクト

grrmpy.conv.atoms2mol.atoms2mol(atoms, target0=None, target1=[], target2=[], mult=1.0, **kwargs)[ソース]

_summary_

Parameters:

atoms: Atoms: Atomsオブジェクト
target0: list of integers: target0とtarget0+target1+target2に指定された原子間の結合を見る.

Noneの場合全ての原子間の結合を見る
target1: list of integers: target1とtarget0+target1に指定した原子間の結合を見る
target2: list of integers: target2とtarget0に指定した原子間の結合を見る
mult: float: 数字が大きい程,遠く離れていても結合していると判断する.
kwargs:: 各元素の共有結合半径を設定する

ex) Al=1.2

grrmpy.conv.atoms2mol.atomslist2mols(atoms_list, target0=None, target1=[], target2=[], mult=1, **kwargs)[ソース]

SMILESは結合情報有しているが,結合の有無はase.geometry.analysis.Analysisで判断している. だたし,単結合,二重結合等の判断はできないので全て単結合とみなしてSMILESに変換する.

grrmpy.conv.atoms2smiles.atoms2smiles(atoms, target0: Optional[list] = None, target1: list = [], target2: list = [], mult: float = 1, **kwargs) → str[ソース]

grrmpy.conv.atoms2smiles.atomslist2smileses(atoms_list, target0=None, target1=[], target2=[], mult=1, **kwargs)[ソース]

grrmpy.conv.mol2png_binary.mol2png_binary(mol, size=(250, 250), kekulize=True, wedgeBonds=True, options=None, **kwargs)[ソース]

molオブジェクトをpngのbynaryデータに変換しutf-8でエンコードした状態で返す

Parameters: