Visualizeモジュール
View
Forceのベクトル表示や電荷の色分けなどを行なえる.
電荷またはindex番号のラベルを貼ることができる.
原子にカーソルを合わせると,index番号と座標が表示される.
"現在の構造のみ保存"にチェックを入れた場合, 表示中の構造のみを保存する.
チェックを外すと，複数の構造を表示している場合は全ての構造を保存する
(.traj, .html, .xyzなど複数の構造を保存できる形式に限る).
from grrmpy.visualize import View
from grrmpy import pfp_calculator
from ase.io import iread
images = [i for i in iread("images.traj")]
for image in images:
image.calc = pfp_calculator
View(images)
スタイルの色からいくつかの色を選択することができる
色の定義ファイルはライブラリの根本にある default_color.ini vesta_color.ini jmol_color,csv .
Viewクラスはnglviewライブラリを用いて作成している. nglviewのデフォルトの色の設定はelementであり,その他のdefaut,vesta,jmolの色は
grrmpy用に作成したものであり, 不具合によって稀に色が反映できず原子が全て黒く着色される 場合がある.(原因はわからない)
その場合はelenetを選択 する(elementはそのような不具合が起きない). もしくはカーネルを再起動すると直る.
