Networkモジュール

from grrmpy.network import NetGraph

net_g = NetGraph("XXX_EQ_list",
                 "XXX_TS_list",
                 "XXX_PT_list",
                 comfile="XXX.com",
                 poscar="POSCAR",
                 indices=[0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10])
net_g.write_html("Sample.html") # htmlに出力
net_g.write_graphml("Sample.graphml") # graphmlに出力

インタラクティブなグラフが作成される.

nodeにカーソルをホバーさせるとエネルギーが表示される.

エネルギーの大きさに従った色付けがされる.

write_htmlの結果

write_graphで作成したgraphmlファイルをCytoscapeで表示

class grrmpy.network.network.NetGraph(*listlog, indices=None, comfile=None, poscar=None, calc_func=<function pfp_calculator>)[ソース]

Parameters:

*listlog:: 方法1: EQ_list.log,TS_list.log,,PT_list.logを与える.

方法2: eq_list,ts_list,connectionsを与える.
indices: list of int: 原子のindex番号のリスト.

同一構造をグループ化するために用いる.

指定した原子同士の結合状態から同一構造かを判定する.
comfile:: comfileパス
poscar:: POSCARパス
calc_func:: calculatorを返す関数

サンプル

>>> G = NetGraph("XXX_EQ_list","XXX_TS_list","XXX_PT_list",comfile="XXX.com",poscar="POSCAR",indices=[i for i in range(0:10)])
or
>>> G = NetGraph("XXX_EQ_list","XXX_TS_list",comfile="XXX.com",poscar="POSCAR",indices=[i for i in range(0:10)])
or
>>> G = NetGraph(eq_list,ts_list,connections,indices=[i for i in range(0:10)])

get_graph(self_loop=False, cm='gnuplot', node=None, edge=None)[ソース]

NetWorkXのグラフを返す

Parameters:

self_loop: bool: 自己ループを含める場合True.
cmstr: "jet","hot"などmatplotlibで指定できるカラースケール.

戻り値: networkxのグラフ
戻り値の型: networkx.Graph

write_graphml(graphml)[ソース]

graphmlファイルを作成する

Parameters:

graphml: str or Path: graphmlパス(.graphml)

write_html(html, height='500px', width='100%', cm='gnuplot', notebook=True, show_buttons=False, self_loop=False)[ソース]

htmlにグラフを作成する

Parameters:

html: str: 保存名.html
height: str: 縦幅
width: str: 横幅
cm: str: "jet","hot"などmatplotlibで指定できるカラースケール.

デフォルトは"gnuplot".
notebook: bool: Trueした場合,Notebook上に表示される.

(現在機能していない)
show_buttons: bool: Trueにした場合,全ての機能を搭載したボタンが作成される.
self_loop: bool: 自己ループを表示する場合はTrue.