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モ
A
ANEB (grrmpy.neb.auto_neb のクラス)
Animation (grrmpy.blender.make_pyscript のクラス)
archive (grrmpy.neb.auto_neb.ANEB の属性)
(grrmpy.neb.auto_neb.SNEB の属性)
atoms2mol() (grrmpy.conv.atoms2mol モジュール)
atoms2smiles() (grrmpy.conv.atoms2smiles モジュール)
atomslist2mols() (grrmpy.conv.atoms2mol モジュール)
atomslist2smileses() (grrmpy.conv.atoms2smiles モジュール)
attach() (grrmpy.automate.auto_neb.AutoNEB のメソッド)
(grrmpy.neb.repetitive_neb.RepetitiveNEB のメソッド)
(grrmpy.opt.repetitive_opt.RepetitiveOpt のメソッド)
attach_stop() (grrmpy.automate.auto_neb.AutoNEB のメソッド)
(grrmpy.neb.repetitive_neb.RepetitiveNEB のメソッド)
automate_maxstep() (grrmpy.optimize.attach モジュール)
AutoNEB (grrmpy.automate.auto_neb のクラス)
AutoOpt (grrmpy.automate.auto_opt のクラス)
AutoPinNEB (grrmpy.automate.pin_neb のクラス)
AutoVib (grrmpy.automate.auto_vib のクラス)
B
BallAndStick (grrmpy.blender.make_pyscript のクラス)
C
connected_components() (grrmpy.functions モジュール)
copy_images() (grrmpy.functions モジュール)
create_reactpath() (grrmpy.path.create_reactpath モジュール)
D
default_param (grrmpy.automate.auto_neb.AutoNEB のプロパティ)
(grrmpy.automate.by_neb.SinglePath のプロパティ)
(grrmpy.neb.repetitive_neb.RepetitiveNEB のプロパティ)
(grrmpy.opt.repetitive_opt.RepetitiveOpt のプロパティ)
draw_graph() (grrmpy.functions モジュール)
dump() (grrmpy.io.compressed_pickle モジュール)
dumps() (grrmpy.io.compressed_pickle モジュール)
F
find_local_minimum_points_and_ea() (grrmpy.neb.functions モジュール)
frompkl() (grrmpy.path.reaction_path.ReactPath のクラスメソッド)
frozen2atoms() (grrmpy.io.read_com モジュール)
G
get_appropriate_nimages() (grrmpy.neb.functions モジュール)
get_bond() (grrmpy.functions モジュール)
get_dader() (grrmpy.io.read_acfdat モジュール)
get_diff() (grrmpy.functions モジュール)
get_ea() (grrmpy.neb.functions モジュール)
get_energy_list() (grrmpy.functions モジュール)
get_fig() (grrmpy.path.reaction_path.ReactPath のメソッド)
get_fmax() (grrmpy.functions モジュール)
get_graph() (grrmpy.network.network.NetGraph のメソッド)
get_imax() (grrmpy.neb.functions モジュール)
get_param() (grrmpy.automate.pin_neb.AutoPinNEB のメソッド)
(grrmpy.automate.pin_neb.PinNEB のメソッド)
get_unique_connections() (grrmpy.functions モジュール)
grouping() (grrmpy.geometry.functions モジュール)
grrmpy.automate
モジュール
grrmpy.calculator
モジュール
grrmpy.conv
モジュール
grrmpy.data
モジュール
grrmpy.data.zval (grrmpy.data モジュール)
grrmpy.functions
モジュール
grrmpy.geometry
モジュール
grrmpy.io
モジュール
grrmpy.neb.auto_neb
モジュール
grrmpy.network
モジュール
grrmpy.opt
モジュール
grrmpy.optimize
モジュール
grrmpy.path
モジュール
grrmpy.visualize
モジュール
I
images (grrmpy.neb.auto_neb.ANEB の属性)
(grrmpy.neb.auto_neb.SNEB の属性)
imax (grrmpy.neb.auto_neb.ANEB のプロパティ)
(grrmpy.neb.auto_neb.SNEB のプロパティ)
iread_traj() (grrmpy.io.read_traj モジュール)
is_similar() (grrmpy.automate.pin_neb モジュール)
issame() (grrmpy.geometry.functions モジュール)
L
load() (grrmpy.io.compressed_pickle モジュール)
loads() (grrmpy.io.compressed_pickle モジュール)
Log (grrmpy.io.log のクラス)
log2atoms() (grrmpy.io.read_listlog モジュール)
M
make_py_script() (grrmpy.blender.make_pyscript モジュール)
minimize_rotation_and_translation_for_specified_indices_only() (grrmpy.functions モジュール)
mol2png_binary() (grrmpy.conv.mol2png_binary モジュール)
N
n_sampling() (grrmpy.functions モジュール)
NetGraph (grrmpy.network.network のクラス)
next_i() (grrmpy.automate.auto_neb.AutoNEB のメソッド)
O
optimize_eq() (grrmpy.optimize.attach モジュール)
OptWithCond() (grrmpy.optimize.optimizer モジュール)
P
partially_overlapping_groupings() (grrmpy.functions モジュール)
pfp_calculator() (grrmpy.calculator モジュール)
PinNEB (grrmpy.automate.pin_neb のクラス)
preview() (grrmpy.path.reaction_path.ReactPath のメソッド)
Q
Queue (grrmpy.automate.queue のクラス)
R
ReactPath (grrmpy.path.reaction_path のクラス)
read_acf() (grrmpy.io.read_acfdat モジュール)
read_connections() (grrmpy.io.read_listlog モジュール)
read_csv() (grrmpy.io.read_elementsini モジュール)
read_elementsini() (grrmpy.io.read_elementsini モジュール)
read_traj() (grrmpy.io.read_traj モジュール)
RepetitiveNEB (grrmpy.neb.repetitive_neb のクラス)
RepetitiveOpt (grrmpy.opt.repetitive_opt のクラス)
run() (grrmpy.automate.auto_neb.AutoNEB のメソッド)
(grrmpy.automate.auto_opt.AutoOpt のメソッド)
(grrmpy.automate.auto_vib.AutoVib のメソッド)
(grrmpy.automate.by_neb.SinglePath のメソッド)
(grrmpy.neb.auto_neb.ANEB のメソッド)
(grrmpy.neb.auto_neb.SNEB のメソッド)
(grrmpy.neb.repetitive_neb.RepetitiveNEB のメソッド)
(grrmpy.opt.repetitive_opt.RepetitiveOpt のメソッド)
S
same_energy_and_fmax() (grrmpy.optimize.attach モジュール)
set_automaxstep() (grrmpy.automate.auto_opt.AutoOpt のメソッド)
set_calc2images() (grrmpy.functions モジュール)
set_const2images() (grrmpy.functions モジュール)
SinglePath (grrmpy.automate.by_neb のクラス)
SNEB (grrmpy.neb.auto_neb のクラス)
SpaceFilling (grrmpy.blender.make_pyscript のクラス)
steep_peak() (grrmpy.optimize.attach モジュール)
Stick (grrmpy.blender.make_pyscript のクラス)
summary() (grrmpy.automate.auto_vib.AutoVib のメソッド)
T
topkl() (grrmpy.path.reaction_path.ReactPath のメソッド)
U
update() (grrmpy.automate.auto_neb.AutoNEB のメソッド)
(grrmpy.neb.repetitive_neb.RepetitiveNEB のメソッド)
(grrmpy.opt.repetitive_opt.RepetitiveOpt のメソッド)
V
View (grrmpy.visualize.custum_viewer のクラス)
view() (grrmpy.visualize.by_ase モジュール)
view_images() (grrmpy.visualize.by_ase モジュール)
view_with_coordinate() (grrmpy.visualize.by_nglview モジュール)
view_with_index() (grrmpy.visualize.by_nglview モジュール)
W
write_excel() (grrmpy.path.reaction_path.ReactPath のメソッド)
write_graphml() (grrmpy.network.network.NetGraph のメソッド)
write_html() (grrmpy.io.html モジュール)
(grrmpy.network.network.NetGraph のメソッド)
(grrmpy.path.reaction_path.ReactPath のメソッド)
write_log() (grrmpy.io.log.Log のメソッド)
write_mode() (grrmpy.automate.auto_vib.AutoVib のメソッド)
write_traj() (grrmpy.optimize.attach モジュール)
モ
モジュール
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grrmpy.data
grrmpy.functions
grrmpy.geometry
grrmpy.io
grrmpy.neb.auto_neb
grrmpy.network
grrmpy.opt
grrmpy.optimize
grrmpy.path
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